明亡后，傅山衣红衣，居山寺，改号朱衣道人，从事着反清复明的秘密活动。清顺治11年（公元1654年），傅山因南明总兵宋谦在晋豫边界起事反清，事败下狱，成“谋逆钦犯”，虽遭严刑，却坚贞不屈，曾绝食九日，濒临死亡，后经营救获释，此案曾轰动一时，被称作“朱衣道人案”。顺治14年（公元1657年），顾炎武因江南已无法容身，“浩然有山东之行”，应傅山之邀，千山独步，天马行地，来到了太原。顺治16年（公元1659年），郑成功克镇江，袭南京，张煌言攻安徽，江南反清形势似转机，傅山闻讯后，急忙南下，既至南京，郑张已败走，他只好带着又一次地扫兴回到太原，其后一直隐居于晋祠云陶洞。他曾作《宿云陶》诗：

　　雾柳霾花老眼憎，云陶稳睡拔鸡鸣；晋祠三日无吟兴，只忆观澜智勇生。

　　隐居期间，他吟诗作画，潜心著述，并与顾炎武、阎若璩、阎尔梅、朱彝尊等学人考证晋祠，感怀晋史。傅山待友必煮茶，故有人也将云陶洞称作茶烟洞，“石室茶烟”是晋祠内八景之一。景宜园距云陶洞数步之遥，园内“杂树交荫，希见曦影”，此地为傅山饮茶品茗处。

　　期间，傅山先生在此还留有许多书法作品，其中嵌于朝阳洞石阶下周柏旁壁间的“晋源之柏第一章”最为要紧，其字行楷中揉魏碑，舒缓里见矫捷，遒劲得力，练达通脱，一看便知是高逸出世、遗身物外之作，难怪能被阎若璩誉为晋祠三绝之一。难老泉亭内的“难老”匾、圣母殿廊下的“永锡难老”匾均为名题。嵌于文昌宫墙壁上的《文昌帝阴骘文》也出自他的手笔，全文446字，小楷写就，直师钟繇，工整不苟，玉润珠圆，是其罕有的小楷作品。另外，景宜园楹联“茶七碗，酒千盅，醉来踏破瑶阶月；柳三眠，花一梦，兴到倾倒碧玉觞”、同乐亭楹联“万竿逸气争栖凤；一夜凌云见箨龙”，“梧桐月白杯中照；杨柳风来画上川”，也均为傅山所书。云陶洞楹联“日上山红，赤县灵真三剑动；月来水白，真人心印一珠明”之上联中的“日”与下联中的“月”合璧为明字，“珠明”则暗指朱明。

　　傅山对晋祠的影响不仅仅在于书法、著述，更在于对晋祠操守的提升、品格的趋高。“倚南窗以寄傲，审容膝之易安”的云陶洞紧邻朝阳洞，占据着晋祠云至高。俯瞰全园，了然一目，远眺田畴，隐约可现。除去一年一度庙会里的纷杂熙攘，除去平日偶有挚友造访，这里少有游人光顾。园日涉成趣，门虽设而常关。当石磴上青苔侵阶、隙间拱草，秋树下的扫叶人又把一季的春华挈走时，傅山先生慨叹感怀之余，却未倦慵喟然，诗作愈发激昂高亢，著述愈发精邃深湛，书法愈发奕奕神采，意志愈发贞固刚毅。他不是“静念园林好，人间良可辞”的隐逸者，也非“中岁颇好道，晚家南山陲”的削迹仙。

　　论及晋祠的操守、品格，岂有不言傅山傅青主者也！